Aux 11ème et 12ème siècles, la ville de Paris connut une renaissance commerciale et urbaine: l'importance des approvisionnements et des transports de denrées par voie fluviale donnait un pouvoir très important à la ‘corporation des marchands de l'eau’ qui reçut du Roi, en 1170, le monopole de tout le trafic fluvial entre les villes de Mantes et Corbeil.
Leur Conseil dirigeant, bientôt représenté par le Prévôt des marchands, s'installa au 14ème siècle dans la maison aux Piliers, ancêtre de l'actuel Hôtel de Ville. Le Roi, lui, était représenté par le Prévôt de Paris résidant dans la forteresse du Châtelet. Compte tenu de leurs pouvoirs respectifs, et importants, les deux Prévôts furent souvent d’impitoyables rivaux.
La ville reprit alors son expansion sur les deux rives du fleuve, notamment sur la rive droite. A la fin du 12ème siècle, Philippe Auguste fit paver les rues principales, ordonna la création de fontaines et créa le marché des Halles, en 1137, à l'origine de l’activité commerciale que développa ce quartier. La Cité devint le siège du pouvoir politique et religieux, encore présent aujourd'hui avec le Palais de Justice et l'hôpital de l'Hôtel-Dieu, tandis que sur la rive gauche se côtoyaient le monde universitaire et intellectuel.
Cœur de la ville, l'île de la Cité voit alors se dresser la cathédrale Notre-Dame, dont la construction fut décidée en 1163 par l’évêque Maurice de Sully, puis la Sainte-Chapelle, construite sous Saint Louis, en 1246, tandis que le Palais Royal de la Cité est agrandi par Philippe le Bel.